研究所建有农业部南方植物营养与肥料重点实验室、国家土壤质量广州观测实验站、广东省养分资源循环利用与耕地保育重点实验室、国家农业环境微生物种质资源库（广东）、广东省新型肥料与高效施肥工程技术研究中心、广东省农业面源污染监测评估与防控工程技术研究中心、广东省土壤微生物与耕地保育工程技术研究中心和广州市城乡废弃物农用资源化工程技术研究中心等科研平台。

      1.农业农村部南方植物营养与肥料重点实验室

      2011年获农业部批准成立，2016年获农业部批准建设。实验室结合南方农业区域特点，围绕植物营养与养分资源管理、废弃物处理与新型肥料、农业微生物与土壤肥力、农田污染控制与农产品安全等领域开展研究。

      2.国家土壤质量广州观测实验站

     2019年获农业农村部批准成立。实验站位于广州国家农业科技园区，主要开展赤红壤区域典型种植模式下土壤肥力演变、农业生态环境效应等长期定位监测工作，承担农业农村部粮田和菜田肥力效应、土壤理化性状、生物性状及田间生物群落等监测任务，是阐明我国赤红壤区土壤质量演变规律的重要野外科学观测平台。

      3.广东省养分资源循环利用与耕地保育重点实验室

    2006年获广东省科技厅批准建设。实验室立足广东省热带亚热带现代农业的生态特点，重点研究方向为养分资源循环利用和耕地质量建设与保护，开展植物营养、土壤肥料、农业面源污染监测防控、城乡废弃物资源化综合利用及其相关领域研究。

    4.国家农业环境微生物种质资源库（广东）

    2022年9月获农业农村部批准建立。致力于广东省农业微生物菌种资源的收集与保藏、多样性研究、高效功能菌株筛选及应用、遗传学、基因组学研究等工作。现保藏农业微生物资源约79087株，其中已完成鉴定的农业微生物资源71800余株。平台主要针对岭南地区的土壤与环境、畜禽养殖动物、果蔬作物、可食用菌等相关农业微生物开展收集与保护工作，实现应保尽保，并对不同种类农业微生物种质资源进行开发和利用，致力于广东省生态农业产业链的建设与发展。